El espacio de la cafetería del Alma Mater Museum de Zaragoza, se sitúa, al igual que todo el conjunto, en la parte más antigua del Palacio Arzobispal, pudiendo ver en sus muros las huellas de épocas que tuvieron en este lugar uno de sus principales escenarios, como los arranques de unas escaleras en el muro que, en algún momento del pasado, condujeron a las dependencias privadas del prelado y los reyes de Aragón, situadas en este edificio.
La manzana en la que se emplaza el Palacio tuvo durante siglos la condición de frontera con la primitiva Puerta del Ángel –acceso a la ciudad desde el puente de piedra- y con la catedral del Salvador, levantada sobre el solar de la antigua mezquita alhama de la ciudad musulmana, que ocupó a su vez el espacio en el que se erigía un templo romano.
El área en la que se sitúa el Museo corresponde a la zona más septentrional del Palacio Arzobispal, que hunde sus raíces en las primitivas estancias de las Casas del Obispo, una serie de edificaciones construidas siguiendo la longitud de la antigua muralla que miraba al Ebro desde su margen derecha, y diversas zonas interiores abiertas que ordenaban la superficie en la que convivieron el poder real, el poder episcopal y el poder legistalivo del reino aragonés.